L'objectif premier du FSE est de soutenir la création d'emplois de meilleure qualité dans l'UE et d'améliorer les perspectives professionnelles des citoyens (jeunes, demandeurs d'emploi, inactifs, handicapés, salariés étudiants etc.), prioritairement en direction des groupes les moins qualifiées et les plus exposés au chômage et à l'exclusion. Le FSE n'est pas une agence pour l'emploi, il n'accorde pas d'aide ou d'offres d'emploi directement aux personnes individuelles mais finance des projets dans les pays de l'UE aux niveaux local, régional et national.
Plus spécifiquement en France sur 2014-2020, le FSE est doté d'une enveloppe de 6 milliards d'€, mobilisée autour de quatre objectifs thématiques : l'inclusion active et la lutte contre la pauvreté, l'éducation et la formation tout au long de la vie, l'accès à l'emploi durable et le soutien à la mobilité du travail, et plus marginalement le renforcement des capacités administratives
(uniquement dans les DOM). Comme les autres Fonds structurels, le FSE n'intervient jamais seul pour soutenir un projet, mais toujours en cofinancement d'autres financeurs publics et/ou privés (Etat, collectivités locales, chambres consulaires, entreprises, etc.). Ce principe se traduit par l'obligation, pour les porteurs de projet, de trouver au préalable des financements auprès de leurs partenaires ou sur leur trésorerie propre.